Nachdem die historischen Domorgeln in der Folge des Zweiten Weltkriegs völlig zerstört worden waren, war eine völlige Orgelneukonzeption notwendig und möglich geworden. Man entschied sich in enger Anbindung an liturgische und räumliche Vorgaben für eine funktionale Zweiteilung in Haupt- und Chororgel.
Die Hauptorgel
Die Hauptorgel mit der Sängerempore befindet sich an der Westseite des Langhauses. Prospekt, Aufbau, Konstruktionen und Spieltisch stammen von Josef Schäfer. In die Prospektgestaltung integriert sind die Domuhr von 1574 und deren barocke Stuckrahmung von 1701 mit der Darstellung von Zeit und Ewigkeit. Die Mensuren stammen von Hans Gerd Klais, während die Disposition in enger Zusammenarbeit zwischen Hans Gerd Klais und Paul Damjakob entstand.
Die 87 Register der Orgel verteilen sich auf Pedal und fünf Werke, darunter eines mit waagerecht in den Raum strahlenden, sogenannten „Spanischen Trompeten". Im einzelnen umfassen Rückpositiv, Positiv und Schwellwerk je 16, das Hauptwerk 15, die Trompeteria 5 und das Pedal 18 Stimmen. Hinzu kommen insgesamt 15 Koppeln. 6652 Pfeifen und Zungen sind für die Klangerzeugung zuständig.
Die Chororgel
Die Chororgel befindet sich auf der Empore des südlichen Querschiffs. Sie dient in erster Linie zur Begleitung der Schola und der werktäglichen Gottesdienste. Aufbau, Disposition und Mensuren stammen von Hans Gerd Klais. Zwei Manuale und Pedal umfassen insgesamt 20 Register; darüber hinaus bietet die Orgel drei Koppeln. Die Klangerzeugung wird durch 1398 Pfeifen und Zungen realisiert.
Mit ihrem schlanken, grazileren Ton ist die Chororgel ganz bewusst als Gegenstück zur dunkler und mächtiger klingenden Hauptorgel konzipiert. Ihr Klangcharakter ist ebenso auf das vielseitig geschichtete, barockisierte Querschiff mit Tonnengewölbe abgestimmt wie der vollere Ton der Hauptorgel auf das schlichte romanische Langhaus mit seiner flachen Holzdecke.
